叢林奇航影片故事的背景為1916年，女主角莉莉霍頓是英國的一位植物學家，她極欲尋找一種位于亞馬遜叢林的神奇花朵，傳說該花朵可治百病，莉莉渴望用其造福全人類。在獲得有助于尋寶的關鍵物品后，她便拉著弟弟麥奎格一同前往亞馬遜流域探險，并雇用了當地的一位船長法蘭克當向導。然而，神奇的寶物自然免不了他人的覬覦，一場攸關尋寶與寶物爭奪戰(zhàn)的戲碼，就這樣拉開序幕。